Iako su alergije vjerojatno odgovorne za dio simptoma u sindromu bolesne zgrade, to je u ukupnom zbroju simptoma gore opisanog sindroma obično teško dokazati.
Alergije su bolesti koje nastaju nakon što se čovjek senzibilizira (t.j. poveća se njegova osjetljivost) na neki određeni alergen (kao što je kućna prašina, mikroskopski organizmi, poput bakterija, gljiva, grinja, peludi biljaka i bilo kojih drugih, najčešće organskih supstanci). Neki istraživači drže da su najčešći alergeni u zgradama s klima uređajima gljive. Gljive rastu u vlažnim sustavima i sustavima s vodom, te se kod nedovoljnog čišćenja i održavanja klima uređaja mogu naći u svim dijelovima jednog takvog sustava. Na istim se mjestima mogu naći bakterije, koje mogu same, kao i njihovi toksični produkti, izazvati alergijske promjene.
Alergijske reakcije su čitav niz neugodnih simptoma koji nastaju kao posljedica preosjetljivosti na određene alergene, a prilikom susreta s tim alergenima. Naime, organizam se brani u susretu s alergenom čitavim nizom takozvanih imunoloških reakcija koje onda izazivaju simptome, poput pečenja i iritacije kože, očiju, suzenja očiju i nosa, kihanja, osipa na koži, kao i mnogo teže simptome, poput trajnih i kroničnih oboljenja.
