Biološka kontaminacija je najčešći problem klimatiziranih prostora i ujedno predstavlja najveću opasnost. Neadekvatno održavani uređaji, kao i uređaji slabije kvalitete zadržavaju pelud, pijesak, spore gljiva, mrtve insekte, ostatke perutanja kože ljudi i životinja, dlačice, vlakna papira i sl.
Kondenzirana vlaga u toplom periodu godine, u kombinaciji s navedenim organskim materijalom čini idealnu podlogu za razvoj mikroorganizama.
Primarni biološki kontaminanti su bakterije i gljive, ali one proizvode i sekundarne zagađivače. Posljedice po ljudsko zdravlje mogu biti različite vrste infekcija, alergijske reakcije, koje se tijekom vremena mogu značajno komplicirati, različiti poremećaji i oboljenja respiratornog sustava, učestale i sve intenzivnije glavobolje. Najopasnije oboljenje, koje može imati i smrtni ishod, je tzv. legionarska bolest izazvana Legionella bakterijama koje se u sustavu za klimatizaciju, ukoliko se ne održava pravilno, mogu namnožiti.
Prvi znaci su atipični i sliče na gripu: glavobolja, groznica, osjećaj hladnoće, bolovi u mišićima i suhi kašalj često praćeni ubrzanim disanjem. Bakterija se prenosi isključivo udisanjem finog aerosola nastalog raspršivanjem kontaminirane vode. Posebnom riziku od infekcije izloženi su ljudi starosti preko 50 godina, pušači, alkoholičari, osobe sa kroničnim respiratornim ili bubrežnim oboljenjima, dijabetičari i osobe sa oslabljenim imunitetom.
