Danas je poznato da bakterije mogu opstati u slobodnom, tj. planktonskom obliku ili u obliku biofilma u kojem formiraju kolonije. Biofilm je sesilna zajednice bakterija i plijesni u naslagama od složenih šećera, te bjelančevina koje sadrže šećere u koje se taloži i prašina iz zraka. Biofilm najčešće nastaje na granici između dva agregatna stanja. Ova multicelularna zajednica ima kompleksnu strukturu i fiziološki se razlikuje od planktonskih oblika. Biofilm još nazivamo i „sluzavi gradovi“.
Stvaranje biofilma započinje kada se slobodne bakterije iz zraka u prvoj fazi privremeno pričvršćuju za podlogu pomoću bičeva i fila. Izlučivanjem određenih polimernih supstanci započinje trajno pričvršćenje za podlogu i stvaranje gljivolikih nakupina stanica. S vremenom dolazi do stvaranja tunela u nakupinama kroz koje struji voda ili neki drugi fluid.
Biofilmovi štite mikroorganizme od isušivanja. Sastoje se od velikog udjela vode koji varira i može činiti i do 94% ukupne mase biofilma. U biofilmu se fiksiraju pojedine hranjive tvari i enzimi (spojevi za razgradnju tvari) što omogućuje međusobnu prehranu različitih vrsta bakterija – što jedne vrste izlučuju druge koriste za svoj rast. Tako se mikroorganizmi ispomažu i opstaju u naslagama koje nisu optimalne za njihovo umnažanje.
Površina biofilma je vrlo aktivna. Na njoj dolazi do istovremenog pričvršćivanja i otpuštanja bakterija. Bakterije se iz biofilma spontano odvajaju od nje dok se istovremeno plankotonske bakterije za nju pričvršćuju. Biofilm uzrokuje oko 65% svih bakterijskih infekcija.
U biofilmu bakterije mijenjaju svoja svojstva i višestruko se povećava otpornost mikroorganizama na dezinficijense. Osim toga otežano je pranje takvih površina – oprane vizualno čiste površine mogu još sadržavati biofilm u kojem su mikroorganizmi. Zaostajanje samo 1% mase biofilma nakon pranja omogućuje njegovo ponovno formiranje.
Za učinkovito uklanjanje biofilmova neophodna je standardizacija postupaka pranja i dezinfekcije.
